Marcelo, en tidligere universitetsforsker, er på flukt i Recife under Brasils beryktede militærdiktatur. Han søker asyl i Mendonça Filhos hjemby for å komme nærmere sønnen han måtte forlate, samtidig som han prøver å unnslippe de destruktive kreftene som har ødelagt livet hans. Fortalt i tre deler og på tvers av flere tidslag, vever The Secret Agent sammen familieportrett, korrupsjon og personlige vendettaer til en hypnotisk noir-thriller. Filmet med vintage Panavision-utstyr som gjenskaper 70-tallets visuelle stil, er dette både en rørende hyllest til de som ble ødelagt av diktaturet og en lek med sjangerkonvensjoner – full av filmreferanser, humor og en mørk spenning som aldri slipper taket. Brasil er i vold, korrupsjon og forfølgelse, men individuell motstand lever videre.