The Secret of Kells har hentet mye inspirasjon til både handling og stil fra den berømte Kellsboken, en gammelirsk evangeliebok fra 600–800-tallet. Filmen handler om 12-åringen Brendan som går i lære hos abbeden i klosteret til et forblåst fort i Irland på slutten av 700-tallet. Det er farefulle tider, vikingene har allerede raidet klosteret på øya Iona, og nå står Kells for tur. Istedenfor å forsterke muren som skal holde vikingene ute, er Brendan mer nysgjerrig på en uferdig bok som ligger gjemt inne i klosterets scriptorium. «The Book of Kells» kan visstnok omgjøre mørke til lys.

I likhet med den originale evangelieboken har også The Secret of Kells en enorm detaljrikdom i tegningene, fullspekket av geometriske mønstre, symboler og imponerende spiralformer. De visuelle referanser spenner fra keltisk kultur og middelaldersk malerkunst, til Genndy Tartakovskys Samurai Jack, Richard Williams’ The Thief and the Cobbler, ungarske folkeeventyr, tidlige Miyazaki-filmer og Michel Ocelots 2D-animasjon.