Pastor Toller (Ethan Hawke) er prest i den lille kirken First Reformed i en avsidesliggende by nord i delstaten New York. Når vi møter Toller har han nettopp påbegynt et dagbok-eksperiment, som skal hjelpe ham med å reflektere over sin skrøpelige eksistens etter at sønnen døde i Irak og hans kone forlot ham. Den lille kirken Toller har ansvar for er i ferd med å forfalle: Orgelet virker ikke, toalettene er tette og gravsteinene velter i snøen. Det meste av tiden bruker han til å være vaktmester og betjene suvenirsalget i kirken. Den alkoholiserte og kreftsyke presten har ikke mye å leve for, men kirkens 250-års ubileum nærmer seg, og han presses til å holde fanen høyt i en ellers meningsløs tilværelse.

En dag oppsøkes han av den mystiske og høygravide Mary (Amanda Seyfried) og hennes mann, den miljødeprimerte aktivisten Michael (Philip Ettinger). Pastoren røskes ut av den døsige tilstanden, hvor religion ser ut til å ha blitt mer et middel for selvskading og selvdisiplin enn noe annet. Michaels profetier om at miljøkrisen er første steg i apokalypsen får Toller til å tvile på egen tro.

Tidlig i sin karriere skrev Paul Schrader to av de mest sentrale og omdiskuterte manusene i nyere amerikansk filmhistorie, Taxi Driver og Raging Bull – begge regissert av Martin Scorsese. En rekke kritikere har trukket paralleller mellom de to nevnte mesterverkene og First Reformed. Nevnt i samme åndedrett som den plagede Vietnam-veteranen Travis Bickle (Taxi Driver) og bokseren Jake LaMotta (Raging Bull) kan historien om den tvilende og fordervede pastor Toller (First Reformed), som er selve legemliggjørelsen av klodens forfall, nærmest fremstå som det avsluttende kapittelet i en trilogi.